クリーンルームのメンテナンスは、主にハード面に対して行われます。クリーンルームには、HEPA（ヘパ）フィルタやULPA（ウルパ）フィルタを通した清浄な空気が常に供給されています。そのため、空気を供給する空調機やフィルタなどに異常がないか、フィルタが汚れていないかなどの点検を行います。また定期的にフィルタを交換したり、空調機に異常があれば修理を行ったりします。さらに、機器の異常を察知するためには、クリーンルーム内の観察や監視など、モニタリングも欠かせません。その方法の一つが、ルーム内の空気中の微粒子の数を測定し、清浄度をチェックする方法です。そのために、クリーンルームライトやパーティクルカウンターを利用します。

クリーンルームライトはポラリオンライトともよばれる、懐中電灯やペンライトに近い形状の手持ちのライトです。特殊な光により、机や床の上、壁やカーテンに付着した粒子のほか、空気中を浮遊している粒子を浮かび上がらせます。クリーンルーム内のどのような場所にホコリなどの微粒子が存在、堆積しているかを確認するために使用します。

一方、パーティクルカウンターは、名前の通り、空気中の浮遊物（パーティクル）の数を数える測定器です。ハンディータイプや、机上タイプがあり、用途と目的によって使い分けられます。

クリーンルームライトやパーティクルカウンターは、シーズシー株式会社や株式会社佐藤商事、近藤工業株式会社などが取り扱っています。また、火災や地震などへの対策も重要です。クリーンルーム内で火災が発生すると、装置に被害があるだけでなく、煙や灰などにより大量の塵埃が発生し、クリーンルームを汚染してしまいます。そのため復旧には金銭的にも時間的にも多くのコストを要します。機器のメンテナンスを定期的に行うとともに、ヒューズやブレーカーなどの安全対策もしっかり行いましょう。地震への対策としては装置や機器の転倒防止などが必要です。特にクリーンブースではブース自体の倒壊を防ぐ必要があります。クリーンルーム内では、塵埃の発生を防ぐために床への加工が制限されるケースもあります。クリーンルームに対応したアジャスターなどを用いて耐震対策を行うといいでしょう。またUPSなどのバックアップ電源の確保も大切です。

クリーンルームの管理は、主に人やモノの動きといったソフト面に対して行われます。その代表がクリーンルーム管理の4原則です。それぞれについて解説します。

ゴミを発生させない

 常に清浄な空気が供給されているクリーンルームですが、ルーム内で働く人の作業により、微粒子が発生してしまいます。発生する微粒子をできるだけ少なくするため、作業者は衣類からホコリが発生したり、髪の毛が落ちたりしないようにクリーンルームウェアや専用の帽子、マスクや手袋のほか、専用のシューズを着用します。作業の内容によってはゴーグルを着用することもあります。
また作業者の汗などから発生する微粒子を防ぐため、クリーンルーム内は常に快適な温度になるように調整します。

ゴミを持ち込まない

 クリーンルーム内で作業を行うためには、作業者が出入りしたり、材料や機材を持ち込んだりする必要があります。クリーンルーム内の清浄度を保つためには、このようなときにもできるだけ微粒子を持ち込まないことが重要です。
そのためには、クリーンルーム内の気圧を外部よりも高くし（陽圧）、人やモノの出入りの際に、浮遊物の多い外の空気が入ってこないようにしています。また、人やモノがクリーンルーム内に入る際にはエアシャワーや粘着クリーナーなどを用いて、付着している粒子を取り除くようにします。

堆積させない

 堆積した微粒子は、新たな浮遊物の発生源になります。ホコリが積もった場所に息を吹きかけるとホコリが舞い上がるのと同じ理由です。そのためクリーンルームでは、内部で発生した微粒子が堆積しない工夫が必要です。
たとえば樹脂の床を帯電防止素材にしたり、ホコリが下に落ちるグレーチングの床にしたりします。また、床と壁の合わせ目を曲面形状で埋めたりするなどの工夫をします。

発生したら、速やかに除去する

 作業の内容によっては微粒子の発生を抑えるのが困難な場合もあります。そのような場合には排気場所の近くで作業するなど、発生した微粒子が速やかに排除される仕組みが必要です。そのほかにも定期的に清掃を行う、ゴミを小まめに外に出すなどの管理を行います。清掃の際にはクリーンルーム用の掃除機や雑巾などを使用します。

クリーンルームの清浄度は1立方メートルの空気に含まれる空中の塵埃数で決められます。塵埃数はパーティクルカウンターによって測定でき、クラスが判定できます。清浄度のクラスと適用される用途は次のようになります。

また清浄度のクラスとそれに求められる空気中の塵埃数は下記の表の通りです。