X線顕微鏡(X-Ray Microscope:XRM)とは、もともとSpring-8などのシンクロトロン放射光施設などで、水分を含む生体試料などを観察する方法でした。これは、可視光よりも短い波長の放射光を用いることにより、空間分解能の高い観察画像を得ることが出来ます。放射光施設でのX線顕微鏡は、X線の集光や結像にモノクロメータや多層膜集光ミラー、回転楕円ミラー、ゾーンプレートなどが用いられ光路の長い大型の装置です。
最近では、放射光を用いない下記の装置も「X線顕微鏡」と呼ばれています。これは、X線を用いて内部の構造を拡大観察(撮影)する装置です。X線は直接目で見ることが出来ないので、試料に照射したX線を蛍光板などに拡大投影し可視光に変換して撮影したり、X線を直接信号に変換するX用のカメラで撮影して画像にします。以下の装置の場合、倍率や分解能は光学顕微鏡と同程度で、倍率:~1000倍、分解能:~0.2μmです。